Bento do Amaral da Silva era filho do coronel de ordenanças do Rio de Janeiro José Nunes do Amaral e de Mécia de Arão Gurgel, filha do pirata francês Toussaint Gurgel. Era parente do famoso Dr. Cláudio do Amaral Gurgel.

Era irmão de Francisco do Amaral Gurgel e do frade Antônio de Santa Clara, e é justamente sobre eles que Garcia Rodrigues Pais escreveu ao Rei, em 8 de janeiro de 1706.